С 1868 г. афганцы постепенно начали проникать и в пределы Туркестанского генерал-губернаторства. Часть из них поселилась в Самарканде, где постепенно ассимилировалась с местным населением. В начале 70-х гг. XIX в. афганцы, хоть и в незначительном числе, уже проживали в Ташкенте. Причем количество их в главном городе Туркестанского края неизменно росло.
Еще в конце ХIХ — начале ХХ в. афганцы в городах Бухарского эмирата оставались пришлым, “непостоянным элементом”. Основная масса купцов-афганцев проживала в караван-сараях Бухары, занималась торговлей индийскими товарами (чай, индиго, кисея) и вывозила русские товары.
Некоторые из них обзавелись здесь вторыми семьями, заимели свои дворы.
Ко второму десятилетию XX в. в Туркестане проживало 6—7 тыс. афганцев, хазарейцев, джимшидов, представителей других народностей и племен, прибывших из Афганистана (или через него).
Перед событиями 1917 г. отдельные выходцы из Афганистана получали образование в местных мусульманских, русско-туземных и даже в престижных новометодных школах. Более того, дети состоятельных афганцев занимались в русских начальных школах, гимназиях и подготовительных классах при них.
Несмотря на то что после 1917 г. миграционные процессы находились под жестким контролем советского государства, в годы гражданской войны из Афганистана на территорию Туркестана эмигрировало некоторое число афганцев.
В феврале 1918 г. из Афганистана в Бухару прибыли 2 тыс. добровольцев под командованием английских офицеров для борьбы с местными большевиками и младобухарцами. Вполне возможно, что не все они впоследствии вернулись на свою историческую родину, а оставшиеся быстро ассимилировались среди местного населения.
В начале 20-х гг., по сведениям А. Семенова, афганцы встречались только кое-где в равнинной Бухаре и в Самаркандской области. В историческом источнике “Таърих-и Салими” имеются сведения о пребывании во втором десятилетии прошлого века афганского посольства во главе с Мухаммад Вали-ханом в Ташкенте и Бухаре.
В 20—30-е гг. XX в. представители афганской национальности в Узбекистане традиционно занимались торговлей, а беднота — на подсобных работах. Несмотря на все принимавшиеся со стороны местных властей меры, афганцы отказывались идти на производство. В этот период в Ташкенте действовал Афганский клуб, в котором царил национальный микроклимат, и взрослые могли эффективно обучать своих детей родному языку, обговаривать торговые сделки, обсуждать текущие проблемы общины.
В конце 20-х гг. прошлого века заметное скопление представителей различных афганских племен наблюдалось в приграничной полосе Узбекистана, связанное с советско-афганской экспедицией в Афганистан 1929 г.
Народы Афганистана имеют много общего в традициях, обычаях, национальном укладе жизни с народами сопредельных стран, в том числе и с Узбекистаном.
С 80-х гг. XX в. в Узбекистане постепенно сложилась относительно заметная диаспора афганцев-беженцев. Фактическое их количество не зарегистрировано. В их число входят лица, оставшиеся после получения высшего образования, создавшие здесь семьи, работающие в сфере обслуживания и другом мелком бизнесе.
